TRANSCRIPTOME

SEQUENCING

 转录调控测序

•  案例 ：表达谱检测与原发性移植肺功能障碍（PGD）
•  题目 ：Peripheral Blood Gene Expression Changes Associated with Primary Graft Dysfunction after Lung Transplantation
•  杂志 ：《American Journal of Transplantation》
•  影响因子 ：6.49
•  发表日期 ：2018年7月
•  研究思路 ：原发性移植物功能障碍（primary graft dysfunction,PGD）是肺移植后患者发病和死亡的常见原因，通过PGD的早期发现，可以提示移植肺的功能。本研究通过对106个肺移植患者的跟踪调查和血液表达谱变化的检测，期望发现PGD组和非PGD组患者血液中的早期表达基因差异。

•  研究结果 ：

  （1）以移植术后1年内统计，两组间有18个显著差异基因，功能主要涉及先天性和获得性免疫。

（2）移植术后2小时，相对无PGD组，PGD组11个基因表达上调， 13个基因下调。

（3）PGD组中，有8个参与获得性免疫应答，T细胞免疫应答的基因（例如FASLG），从术后2小时到7天，一直处于显著低表达状态。

（4）多数基因在术后早期PGD组和无PGD组中有显著差异，但到晚期无显著差异（例如下图PTX3和FOXP3）。

•  案例 ：转录组揭示免疫耐受形成的分子机制
•  题目 ：Intragraft Molecular Pathways Associated with Tolerance Induction in Renal Transplantation.
•  杂志 ：《Journal of the American Society of Nephrology 》
•  影响因子 ：8.65
•  发表日期 ：2017年9月
•  研究思路 ：本研究通过对肾移植诱导免疫耐受组（FCRx），标准免疫抑制治疗发生急性排斥组（SIS+AR），标准免疫治疗稳定组（SIS），对应的供体样本（D）的表达谱芯片检测和miRNA检测分析，找到差异表达基因，并通过功能和信号通路聚类研究，找到诱导免疫耐受的相关基因和信号通路。

•  研究结果 ：

  （1）差异基因的Venn图分析

  （2）急性排斥组的表达谱分析结果显示，与T细胞介导和B细胞介导的排斥信号通路上的相关基因表达量上调，而诱导免疫耐受组（FCRx）并未出现类似基因表达升高。

  （3）诱导免疫耐受组（FCRx）与其对应供体的基因表达有些差别，但是功能基因网络是基本重合的。

  


（4）相对较免疫治疗稳定组，FCRx组中上调了部分信号通路基因的表达，比如B细胞受体信号通路相关基因。

（5）预测分析显示FCRx组抑制发炎基因表达，活化抗发炎的相关基因表达。

（6）对miRNA的调控表达分析显示，其在FCRx组中增强调节了炎症信号通路上的抑制基因和稳定组织稳态的作用。